Страной правит регентский совет из бояр Бельских и Шуйских при малолетнем Юрие. Начавшиеся крестьянские волнения не дают развить военный успех и в 1503 г подписан мирный договор по которому за Новгородом остается только Архангельск, остальные земли отходят под управление князя московского. Правда все захваченные в войне литовские города и крепости вернулись в ВКЛ.
А в июне 1504 были официально ликвидированы итак лишь формально самостоятельные Тверское и Рязанское княжества.
6 октября 1506 года Великим Князем Московским провозглашен Юрий II.
И сразу же организован успешный поход на Казань. В результате Казанское ханство практически ликвидировано. Под управлением хана остаются только земли вокруг самого города Казань. Все это время продолжается заселение Сибири.
а уже в 1510 г Юрий решает окончательно решить новгородский вопрос. Казавшаяся легкой война приносит несколько неудач. Козни англичан приводят к тому, что воевать приходиться одновременно с Новгородом, Золотой ордой, Ногайской ордой, Казанью, Англией, Генуей и Бургундией. Правда последние две державы, занятые своими делами, учавствовали в войне лишь формально. Татары были разбиты достаточно легко, а вот в Литве армия потерпела несколько поражений. Зато англичане трижды высаживавшие десант в Ингрии трижды были биты и уничтожены. В конце концов был подписан мир, и Новгород перестал существовать.